Clustering (군집)¶

feature space에서 가까운(=유사한) sample들을 모아 하나의 cluster로 묶는 task.

input : label이 되어있지 않은 training data
output : 유사한 sample들이 묶여있는 cluster
hyper-parameter : cluster 를 몇개 지정할지 (명시적으로 cluster의 수를 입력받는 경우도 있으나 간접적으로 이를 결정하는 값( self similarity등)을 요구하기도 함)를 보통 hyper-parameter로 요구.

쉽게 애기하면,
비슷한 data points(sample)를 묶어서 하나의 cluster (군집, group)에 할당하여 분류하는 task임.
classification과의 차이는 label의 유무임.

Dimension Reduction과 함께, Unsupervised Learning의 대표적인 Task임.

일부 문헌에서는
unsupervised learning의 tasks에서
특정 application에 상관없이 unsupervised learning algorithm이 해결해야하는 general task 로서
clustering과 density estimation, dimension transformation을 언급한다.

Clustering은 크게 두가지 종류로 나뉨 (cluster를 무엇으로 정의하고 있느냐에 따라 구별된다).

Hierarchical Clustering
- 계층적으로 cluster를 나타냄 (cluster와 cluster가 묶여서 상위 cluster를 생성하는 방식) : agglomerative clustering
Non-hierarchical Clustering
- 특정 centroid(중심점)의 주변에 가까이 모여있는 것을 cluster라고 정의 : k-means
- continuous regions of high density (data points가 밀집되어 있는 연속된 영역)을 cluster라고 정의 : DBSCAN

Elliptical clustering에서 가장 많이 사용되는 Gaussian Mixture Model은 이 문서에서 다루지 않는다.
Gaussian Mixture Model은 clustering 외의 분야에서도 많이 사용되는 probability model이다.
GMM에 대해 좀 더 알고 샆다면, 다음 URL을 참고하라. ratsgo's SPEECHBOOK : Gaussian Mixture Mode

k-Means¶

ref.: https://scikit-learn-extra.readthedocs.io/en/stable/modules/cluster.html#k-medoids

가장 간단한 clustering algorithm이며, non-hierarchical clustering의 대표임.

k-means는 클러스터에 속한 멤버의 평균값을 cluster center로 사용함.
구현 및 적용이 간단하고 매우 빠른 속도를 보이는 장점을 가짐.

k-Means의 변형인 k-medoids는
cluster에 속한 data point들 중에서 median에 해당하는 data point를 cluster center로 지정하는 차이가 있음.
k-medoids가 조금 더 연산량이 많음.

medoid란?

동작방식 ( k=2, 2개의 cluster로 나누는 경우)¶

랜덤한 2점을 고르고 이를 각 cluster의 centroid(중앙)으로 선정.
현재 선택된 centroids 로부터 나머지 모든 점들의 거리를 계산.
계산된 거리를 바탕으로 가까운 순으로 cluster 를 나눔.
각 cluster의 data point들의 평균치를 계산하여 새로운 centroid로 선정.
centroid의 위치가 바뀌지않고 고정될 때까지 2~4 과정을 반복.

고려할 점.¶

k-Means는 적절한 k의 값을 골라야 함.
초기 cluster center 지정 에 따라 최종 결과가 매우 크게 영향을 받음 (k-medoids 에서 개선).
- 좋은 결과를 위해서 여러 차례 처음부터 수행을 해봐야 함. (random initialization의 횟수인 n_init parameter가 k-means 구현물에 존재하는 이유.)
매우 멀리 떨어져있는 data point나 noise에 취약 (k-medoids에서 개선)
globular shape를 가정 하고 있기 때문에 다른 지역적 패턴 이 있는 경우(shape가 다른 cluster)에 부정확한 결과가 나오기 쉬움.
각 그룹의 size나 density가 다를 경우 부정확한 결과가 나오기 쉬움.
- size나 density가 많이 차이나는 경우, k값을 크게 하여 여러 cluster로 나누고 이들을 다시 합치는 접근법이 효과적. 단, 여러 cluster를 합치는 방법은 Hierarchical Clustering 등의 여러가지가 있을 수 있음.
high dimension data에서는 효과가 떨어짐. (사전에 PCA등으로 dimensionality reduction을 수행이 필요)

다음 그림은 각 cluster의 size가 다른 경우(붉은색 cluster의 size가 매우 큼)에 k-Means가 잘 동작하지 못하는 경우를 보여줌.

다음 그림은 density차이에 따른 결과를 보여줌.

다음 그림은 지역적인 패턴의 영향을 보여줌.

원모양에서만 k-means는 가장 잘 동작하기 때문에, 가급적 k-means를 적용하기 전에 dataset에 standardization 이나 min-max scaling을 해주는 게 좋다. (물론 원래 독특한 패턴의 shape를 가지는 cluster인 경우엔 효과가 없지만...)

보다 자세한 내용은 다음 URL을 참고 : K-means Clustering: Algorithm, Applications, Evaluation Methods, and Drawbacks

Hierarchical Clustering¶

가장 가까운 data point끼리 묶어나가(linkage)는 방식 혹은 가장 멀리 떨어진 data point를 분리시켜나가는 방식으로 수행됨.

다음 2가지로 나뉨.

agglomerative clustering (병합적 군집 or 상향식 군집)
divisive clustering (분할적 군집 or 하향식 군집)

agglomerative clustering이 보다 intrinsic and simple해서 일반적으로 많이 사용됨.

참고자료 : Dendrogram이란

모든 data points를 묶어가면서 Dendrogram을 하단에서 상단으로 만들어나가게 됨.
모든 data points가 한 cluster로 묶이면 (=Dendrogram의 root) 과정이 끝나고, Dendrogram의 vertical axis에서 적절한 수준에서 잘라서 cluster의 수를 조절함 (상단, 즉 root에 가까운 곳에서 cutting이 발생시 cluster의 수가 적고, leaf nodes에 가까운 곳에서 cutting이 발생시 cluster의 수가 많음).
일반적인 Non-hierarchical clustering과 달리, clusters의 수 \(k\)를 미리 정할 필요가 없음.

전체 데이터를 살필 필요가 없는 greedy algorithm.

특징.¶

다양한 shape의 clusters 를 가지는 dataset에서도 효과적
cluster를 생성할 때 각각의 connection 등에 대한 많은 정보를 가지고 있는 cluster tree (binary tree로 dendrogram으로 시각화 가능)를 생성.
다양한 pair-wise distance function을 사용가능함.

Types of Linkages¶

Data point (or cluster)와 cluster 를 결합하는 방식의 구분으로 결합대상 간의 거리 (or 유사도)를 어떻게 계산하는지를 나타냄.
(사용되는 distance는 보통 Euclidean distance를 사용하나 half Euclidean distance square 등 다양한 종류의 distance function이 있음)

Complete (최장연결법): 새로운 data point와 cluster 내 가장 먼 data point간의 거리 를 유사도로 삼음.
Single (최단연결법): 새로운 data point와 cluster 내 가장 가까운 data point간의 거리 를 유사도로 삼음.
Average (평균연결법): 새로운 data point와 cluster 내 모든 data point간의 평균 거리 를 유사도로 삼음.
Centroid (중심연결법): 새로운 data point와 cluster의 중심점 과의 거리를 유사도로 삼음.
Ward’s method : 두 cluster가 merging이 될 경우 error sum of squares (ess)의 incremental이 최소인 경우를 결합시키는 방식.

다음의 참고자료들을 읽어보길 바란다.

Affinity Propagation Clustering¶

Ref.: Brendan J. Frey et al., “Clustering by Passing Messages Between Data Points”, Science Feb. 2007

각 데이터 샘플들이 서로에게 메시지를 보내면서 일종의 투표를 수행하여 자신의 대표가 될 수 있는 데이터 샘플을 선택하여, 선택된 데이터 샘플을 중심으로 하여 다양한 크기의 cluster 가 생성되는 기법.

affinity 란 일반적으로 특정 data sample이 자신이 속한 cluster에 속해있는 것이 얼마나 적절한지를 정량화하는 지표를 가르킴.

단점은 계산 복잡도로 \(O(N^2T)\)를 가짐. 여기서 \(N\)은 샘플 수, \(T\)는 알고리즘 반복 횟수이다. 공간복잡도는 \(O(N^2)\)이다. 매우 복잡도가 높기 때문에 작은 데이터에서 그 사용이 제한된다.

모든 데이터 샘플 간에 similarity를 계산하고 이를 기반으로 각 샘플 pair 에서 responsibility \(r_{ik}\)와 availability \(a_{ik}\)를 계산 (이들을 메시지를 보내는 것으로 표현)하고 이들로 구성된 2개의 matrix를 반복적으로 업데이트하여 clustering을 수행함.

The ‘responsibility’ matrix \(R\). In this matrix, \(r(\textbf{i},k)\) reflects how well-suited point \(\textbf{k}\) is to be an exemplar for point \(\textbf{i}\).
The ‘availability’ matrix \(A\). \(a(\textbf{i},\textbf{k})\) reflects how appropriate it would be for point \(\textbf{i}\) to choose point \(\textbf{k}\) as its exemplar.

k-Means와 마찬가지로 클러스터 형태가 둥글어야 하는(globular) 가정에 기반하고, k-medoids와 동일하게 cluster center를 data point 자체(exemplar)를 사용한다.

k-Means는 Not-flat geometry ( 데이터가 존재하는 부분 공간이 선형이 아닌 굽어져 있는 경우) 공간처럼 euclidean distance를 쓰기 어려운 경우에는 성능이 그리 좋지 않음 반면, AP는 nearest-neighbor graph여서 보다 나은 것처럼 scikit-learning에선 언급되고 있으나, 역시 높은 성능은 아닌 듯 하다.

similarity 계산¶

sample \(i\)와 \(j\)의 similarity는 다음과 같은 Euclidean distance의 제곱에 음수를 취한 것임.

\[ s_{ik}= -\|\textbf{x}_{i}-\textbf{x}_{j}\|^2_2 \]

여기서 \(s_{kk}\)는 위의 식으로 계산할 경우 0이지만, hyper-parameter로 지정한다. 0보다 작은 음수값으로 주어지며 이 값이 작을수록 결과로 나오는 cluster의 수가 적어지게 된다.

# of cluster를 명시적으로 설정하지 않고, \(s_{kk}\)를 통해 결과에서 나오는 cluster 수를 제어한다.

보통 similarity matrix의 최소값으로 설정됨 (커질수록 cluster수가 증가).

responsibility 계산¶

sample \(\textbf{x}_i\) 가
sample \(\textbf{x}_k\) 를
exemplar로 여기는 정도 (cluster의 중심으로 투표하는 responsibility) 를 나타냄.

responsibility \(r_{ik}\)는

sample \(\textbf{x}_i\)를 기준으로 하여
sample \(\textbf{x}_k\) 가 sample \(\textbf{x}_i\)의 대표(exemplar)가 되어야 하는 정량적 근거(sklearn 에선 the accumulated evidence라고 기술)

를 구한 것으로

sample \(\textbf{x}_i\)를 기준으로
target sample \(\textbf{x}_k\)와의 similarity와
target sample \(\textbf{x}_k\)를 제외한 나머지 sample들간의 affinity(친화도)를 고려한다.

자신과 성향이 유사한 사람에게 투표하는 것을 생각하면 similarity와 responsibility가 비례하는 관계임을 쉽게 이해할 수 있고,
다른 후보에 대해 보다 높은 affinity를 가질 경우, \(\textbf{x}_k\)에 투표할 확률이 내려가는 점에서 뒤의 minus term도 이해할 수 있음.

식은 다음과 같다.

\[r_{ik}=s_{ik}-\underset{k^\prime \ne k}{\max}(a_{ik^\prime}+s_{ik^\prime})\]

responsibility \(r_{ik}\)는

sample \(\textbf{x}_i\)와 sample \(\textbf{x}_k\)간의 similarity가 높을수록 커지고,
sample \(\textbf{x}_i\)가 다른 sample \(\textbf{x}_{k^\prime}\)과 affinitiy, \((a_{ik^\prime}+s_{ik^\prime})\)가 클수록 작아진다.
즉, sample \(\textbf{x}_i\) 주변에 exemplar로 적합한 sample \(\textbf{x}_k^\prime\) 이 있다면, sample \(\textbf{x}_k\) 는 \(\textbf{x}_i\)에 대해 낮은 responsibility를 가진다.
responsibility \(r_{ik}\)가 양수이면서 커지면, sample \(\textbf{x}_k\) 가 대표가 될 가능성이 커짐.

responsibility \(r_{ik}\)는 responsibility matrix를 생성한다.

availability 계산¶

availability \(a_{ik}\)는 sample \(\textbf{x}_k\)가 sample \(\textbf{x}_i\) 에게 본인 \(\textbf{x}_k\)가 대표가 되어야 하는 정량적 근거(exemplar로서의 availability)를 알려주는 것임.

이는 sample \(\textbf{x}_k\), \(\textbf{x}_i\)를 제외한 다른 sample들로부터 responsibility 중 양수인 것들을 다 더한 값과 0 중에서 작은 값을 고름.
이때, responsibility가 양수인 경우만 고려하는 점을 주의할 것 (대부분 음수임).
주의할 건 availability는 \(i \ne k\)인 경우, 0이 최대임.

\[a_{ik}=\min \left(0, r_{kk}+\sum_{i^\prime \notin \{i,k\}}\max(0,r_{i^\prime k}) \right) \]

\(a_{kk}\) 는 \(\textbf{x}_k\)가 cluster의 중심(exemplar)으로 사용가능한지를 정량적으로 나타냄.(클수록 중심이 되기 쉬움)

\[a_{kk}=\sum_{i^\prime ne k}\max(0,r_{i^\prime k})\]

순서¶

responsibility matrix 와 availability matrix 를 모두 0으로 초기화
similarity matrix계산
responsibility matrix 계산
availability matrix 계산
responsibility matrix 와 availability matrix가 수렴할 때 까지 2,3번 반복.
responsibility matrix 와 availability matrix를 더해 criterion matrix를 계산하고 주대각성분 \(r_{kk}+a_{kk}\) 가 0 이상인 경우, sample \(\textbf{x}_k\)가 cluster의 대표가 된다.

sklearn.cluster.AffinityPropagation¶

Gist's ipynb파일

Hyper-parameters¶

Preference: 각 data point들이 얼마다 exemplar로 선택될 가능성이 높은지를 지정하는 것으로, 높은 값을 부여할수록 더 많은 data point들이 exemplar가 되어서 그 결과 작은 클러스터가 더 많이 생기게 됩니다. 반대로 preference가 작을수록, 적은 수의 사이즈가 큰 클러스터가 만들어지는 경향이 있습니다.

Preference는 위의 수식에서 Similarity Matrix의 main diagonal \(s_{kk}\)을 가르키고 있음.

Damping factor \(\lambda\): 반복되는 Responsibility Matrix와 Availability Matrix의 업데이트에서
Damping factor는 Exponential weighted average를 적용할 때 필요한 hyper-parameter임.
Exponential weighted average를 적용하여 noise에 좀 더 robust하게 해주며, 동시에 값들이 numerical oscillations (진자현상)을 보이지 않도록 막아줄 수 있다. 적절한 damping factor를 지정할 경우 보다 빨리 그리고 안정적으로 수렴하게 됨.

\[ \begin{aligned}r_{t+1}(i, k) = \lambda\cdot r_{t}(i, k) + (1-\lambda)\cdot r_{t+1}(i, k) \\ a_{t+1}(i, k) = \lambda\cdot a_{t}(i, k) + (1-\lambda)\cdot a_{t+1}(i, k)\end{aligned} \]

Summary of Affinity Propagation Clustering¶

k-Means와는 다르게 k를 지정하지 않아도 된다는 장점이 있음.
하지만, preference의 조정이 명시적인 k 지정보다 어려울 수 있음.
- 그리고 k-Means에서 k를 결정하는 문제는 효과적인 heuristic 한 방법이 있어서 실제로 k-Means보다 쉽다고 하기 어려움.
클러스터의 경계를 나눌 때는 k-Means처럼 centroid 사이의 가운데 지점을 기준으로 나누는 것이 아닌, 각 클러스터의 크기와 주변 점들과의 affinity를 고려해서 클러스터 경계를 나눔. : 실제 사용이 더 어려움.

요약하면, 직관적인 k-Means 에 비해, 사용이 까다롭다. 때문에 간단한 경우에는 k-Means가 아직도 사용되지만, 실제로 Affinity propagation은 많이 사용되질 않는 편이다.

Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise (DBSCAN)¶

density based clustering의 대표적 알고리즘.
(K-means와 함께 non-hierarchical clustering의 대표.)

일정한 수준의 밀도를 유지하는 data points의 무리가 chain처럼 연결되어 있으면 cluster로 판정 (cluster = continuous regions of high density)하기 때문에 noise나 outlier에 매우 robust한 성능을 보임.

DBSCAN 은 cluster들이 density가 낮은 구역들로 분리되어 있다고 가정함.

즉, noise와 outlier에 강하고 (noise point로 지정되면 아예 cluster에서 빼버림) 다양한 shape(모양)과 size(크기)의 cluster들을 처리할 수 있는 장점을 가짐.

Density : 지정된 반경(\(\epsilon\)) 내의 데이터 포인트의 갯수
Core point : 해당 점을 중심으로 \(\epsilon\) 내에 존재하는 데이터 포인트의 갯수가 지정된 Density (=MinPts)를 초과하는 경우 Core point라고 부름.
Direct Density Reachable (DDR) : \(\textbf{x}\) 가 core point \(\textbf{c}\)와의 거리가 \(\epsilon\) 이내라면 DDR이라고 칭함.
Density Reachable (DR) : DDR point들로 구성된 chain으로 연결된 경우 DR이라고 칭함.
Density Connected (DC) : \(\textbf{x}\) 와 \(\textbf{y}\) 가 DR이고 \(\textbf{y}\) 와 \(\textbf{q}\) 가 DR이면 \(\textbf{x}\)와 \(\textbf{q}\) 는 DC라고 칭함.
Border point : 해당 점을 중심으로 \(\epsilon\) 내에 존재하는 데이터 포인트의 갯수가 지정된 Density (=MinPts)보다 적지만, Core point와의 거리가 \(\epsilon\) 이내인 경우.
Noise point : Core point도 아니고, Border point도 아닌 데이터 포인트.

Algorithm¶

current_cluster_label <- 1
     for all core points do
            if the core point has no cluster label then
                current_cluster_label <- current_cluster_label+1
                Label the current core point with cluster label current_cluster_label
           end if
           for all points in the Eps-neighborhood, except i-th point itself do
                  if the point does not have a cluster label then
                      Label the point with cluster label current_cluster_label
                  end if
           end for
       end for

hyper-parameter로 Eps(=\(\epsilon\))와 MinPts가 주어짐.
Training set에서 seed 로 core point의 조건을 만족하는 임의의 점을 선택.
seed 로부터 density를 계산하고, 이로부터 core point들과 border point들을 구분해내고, border point를 다 구한 후에 나머지 데이터 포인트를 noise point로 설정.
Eps (=\(\epsilon\)) 내의 core point들을 모두 연결.
연결된 core point들은 하나의 cluster를 이룸.
모든 border point들은 하나의 cluster에 속해야 함. (여러 cluster에 걸쳐있을 경우, 반복과정 중 먼저 할당된 cluster에 속하도록 처리.)

DBSCAN: Eps 및 MinPts 결정¶

최적의 MinPts를 구하는 방법은 알려진 것이 없음. 때문에 CV등을 통해 최적의 값을 찾아야 함.

Eps \(\epsilon\) 의 경우에는 다음의 \(k\)-dist Graph를 이용하여 급격히 증가하는 점에서의 distance로 정한다. (여기서 \(k\)는 MinPts임)

cluster 내의 각 포인트에 대해 \(k\) nearest neighbor와의 거리가 대략 동일하다는 것을 이용한다.
noise point의 경우, \(k\) nearest neighbor 와의 거리가 매우 큰 값을 가짐.

위의 성질을 이용하여 모든 데이터 포인트에 대해 \(k\) nearest neighbor (\(k\)번째 가장 가까운 이웃)에 대한 거리를 구하고, 해당 거리로 sorting을 한 이후, 해당 \(k\)-nearest neighbor distance를 y축에 기재하고 이에 대응하는 data point의 수를 x축에 기재하면 아래와 같은 \(k\)-dist graph를 얻게됨.

이 경우, 적절한 Eps가 4에서 10 사이임을 알 수 있다.

Weakness¶

하지만, density가 다양한 dataset에서는 잘 동작하지 않는다.

오른쪽 하단의 경우, DBSCAN이 density가 낮은 곳의 data point들을 모두 noise로 처리한 것을 확인할 수 있다.
density가 높은 영역에만 집중을 한 결과임.

또한 DBSCAN도 Euclidean distance에 기반(밀도를 구하기 위해서 사용)을 두고 있으며, 이 때문에 high dimensional dataset에서는 좋은 결과가 나오기 어렵다.

DBSCAN의 computational complexity는 \(O(n^2)\)이나 clustering을 수행하기 전에 전처리로 indexed tree 형태로 만들고 수행하는 경우엔 \(O(n \log n)\) 임.

또한 training에서 사용하지 않은 새로운 data point에 대한 inference가 직접적으로는 어렵다. DBSCAN으로 clustering이 된 training dataset과 label을 바탕으로 k-NN (k=1로 줘도 됨) algorithm으로 inference를 하는 방식 처럼 다른 기법의 도움이 필요하다.

Cluster Validation¶

다음과 같이 Cluster의 performance metrics는 내부평가와 외부평가로 나눌 수 있음. 이들을 사용하여 최적의 \(k\) 값 등을 찾아낼 수 있음 (물론 여러번 수행을 해야함).

내부평가¶

clustering의 결과 자체를 가지고 평가함 (clustering에 사용된 학습 데이터를 이용).

외부평가¶

clustering에 사용하지 않은 Test set 데이터를 이용하여 평가하는 방식.

많이 사용되는 validation metrics¶

`Cluster Cohesion` (군집 응집도)¶

cluster 내에서 속한 sample들이 서로 얼마나 밀접한 관련이 있는지를 within sum of square error (WSSE, WSS)로 측정.

\[\text{WSSE}=\sum_{i}\sum_{\textbf{x} \in C_i} (\textbf{x}-\textbf{c}^\text{center}_i)^2\]

`Cluster Separation` (군집 분리도)¶

한 cluster 가 다른 cluster 들과 얼마나 잘 구별되는지를 between sum of square error (BSSE, BSS)로 측정.

\[\text{BSSE}=\sum_{i}\sum_{j\ne i} \text{Size}(C_i) (\textbf{c}^\text{center}_i-\textbf{c}^\text{center}_j)^2\]

where \(\text{Size}(C_i)\)는 cluster \(C_i\)의 크기로 보통 속한 샘플의 수를 사용함.

original : ZZFJILL's Notes of Cluster Analysis

`Silhouette Coefficient` (실루엣 계수)¶

cohesion과 separation을 조합한 silhouette function을 모든 data point에서 개별로 구하고 이들의 평균을 구하여 하나의 숫자로 cluster가 잘되었는지를 나타냄.

\[\text{SC}=\frac{1}{M}\sum^M_{i=1}s(\textbf{x}_i)\]

Cohesion \(a(\textbf{x})\) : \(\textbf{x}\)와, 해당 \(\textbf{x}\)와 같은 cluster에 속한 data points의 거리에 대한 평균.
Separation \(b(\textbf{x})\) : \(\textbf{x}\)와, 해당 \(\textbf{x}\)와 다른 cluster 중 가장 가까운 cluster에 속한 data points의 거리에 대한 평균.
Silhouette function, \(s(\textbf{x})\) : \(s(\textbf{x})=\frac{b(\textbf{x})-a(\textbf{x})}{\max\left\{a(\textbf{x}),b(\textbf{x})\right\}}\)
- \(s(x)\)는 \([-1,1]\)의 range를 가지는데, -1은 가장 나쁜 clustering을 의미하고, 1은 가장 좋은 clustering을 의미함. (0은 indifferent, 혹은 경계에 해당.)
- 0은 어느정도 넘어야 clustering이 어느정도 된 것을 의미한다.

origin : Santhana et al., Best Clustering Configuration Metrics: Towards Multiagent Based Clustering

`Davis-Bouldin Index`(DBI)¶

같은 cluster내에서 평균거리(cohesion)와 다른 cluster간의 중심거리(separation)에 대한 일종의 ratio로 계산이 빠르면서도 일관성이 있는 지표로 알려져 있음.

\[ DBI = \frac{1}{k}\sum^k_{i=1} D_i \]

\(D_i =\displaystyle \max_{j\ne i}\left\{D_{ij}\right\}\).
- \(D_{ij}\) : \(i\)th cluster와 \(j\)th cluster에 대한 "cluster내 거리(within distance)"와 "cluster간 중심거리(between distance)"의 ratio(비율)
- \(D_i\) : \(i\)th cluster와 관련된 \(D_{ij}\)중 최대값

\(D_{ij} = \frac{\bar{d}_i+\bar{d}_j}{d_{ij}}\)
- \(\bar{d}_i\) : \(i\)th cluster에 대한 중심과 해당 cluster 에 속한 데이터 포인트 간의 평균 거리 = cohesion
- \(d_{ij}\) : \(i\)th cluster와 \(j\)th cluster의 중심거리 = separation

예) 3개의 cluster 인 경우,

\(D_{ij}\) 는 \(D_{12},D_{13},D_{23}\) 과 같이 3개가 구해짐.
\(D_i\)는 \(D_1=\max\left\{D_{12},D_{13}\right\}\), \(D_2=\max\left\{D_{23}\right\}\) 과 같이 2개가 구해짐.
\(k=2\) 이며, \(DBI=\text{mean}[D_1, D_2]\)임.

`Dunn Index`¶

cluster와 cluster 간의 거리가 클수록, 또는 같은 cluster 내의 data point간의 거리가 작을수록 큰 값을 가짐.
Dunn Index가 클수록 clustering이 잘 이루어졌다고 평가할 수 있음.

\[ \text{Dunn_index} = \frac{\text{min_distance_bw_clusters}}{\text{max_distance_bw_data_samples_in_the_same_clusters}} \]

References¶

scikit-learn 2.3. Clustering
Cory Maklin's Affinity Propagation Algorithm Explained
아이리스's [7.55 R에서 Affinity Propagation 군집분석 실시하기 (https://blog.naver.com/PostView.naver?blogId=pmw9440&logNo=222297976432&parentCategoryNo=&categoryNo=7&viewDate=&isShowPopularPosts=true&from=search)
Affinity Propagation 살펴보기
Garrett Poppe's DBSCAN
이수한 교수님's 데이터전처리: 10장 군집분석(Cluster Analysis)